Programa para gerar topologias para o Gromacs

Olá,

Após um longo período sem atualizações no blog dada minha defesa de mestrado, estou postando a primeira versão do programa Gentop, que é um programa em python para gerar arquivos de topologia molecular formatados para o Gromacs dada uma estrutura em formato xyz. O programa utiliza um critério de distâncias para determinar quais átomos formam ligações entre si na molécula e, a partir do conjunto determinado de ligações químicas, determina os ângulos e diedros presentes na molécula e estima os tipos atômicos no campo de força OPLS-AA com base em algumas funções orgânicas simples, como alcano, álcool e amina primária. Tais parâmetros devem ser tomados apenas como guia para diferenciar entre alguns dos átomos presentes na molécula, visto que o algoritmo para determiná-los é no momento bastante limitado, sendo que o usuário deve buscar no campo de força quais são os parâmetros mais apropriados para a molécula. Além disso, como o programa se baseia unicamente em critérios de distâncias para determinar as ligações químicas, é necessário que a estrutura da molécula esteja minimamente otimizada para que essas sejam determinadas corretamente.

Essa versão ainda está sendo testada e pretendo em breve melhorá-la com um algoritmo que permita identificar de modo correto uma maior variedade de funções orgânicas. Segue abaixo o link para download:

https://drive.google.com/file/d/0BxbfUlGvt1wJT2xuRDF2LTRfOEE/edit?usp=sharing

Para executar, basta salvar o programa no mesmo diretório contendo a estrutura em formato xyz e digitar python gentop.py