Segunda página do tutorial da simulação de água pura no Gromacs

Acabo de adicionar a segunda página do tutorial atualizado do Gromacs para a simulação de uma caixa de água. Nessa segunda parte focaremos nas análises da trajetória obtida, incluindo análises de ligações de hidrogênio, distribuição radial de pares e distribuição espacial. Além de ferramentas do próprio Gromacs, usaremos também o programa Travis para as análises.

Clique no link ou na imagem abaixo para ir à página:

https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-gromacs-agua-pura-parte-2/

Veja também as páginas:

• Primeira página do tutorial (preparação da estrutura inicial, minimização de energia e realização da simulação)
• Página sobre conceitos fundamentais de dinâmica molecular
• Versão antiga do tutorial de simulação de água com o Gromacs (válido para versões mais antigas do programa)
• Tutorial de simulação de uma mistura de água e etanol no LAMMPS

Tutorial LAMMPS – água e etanol

Olá,

Acabo de publicar a primeira página do primeiro tutorial de dinâmica molecular do blog usando o LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) usando como sistema modelo uma mistura equimolar de etanol e água. Nessa primeira página, abordamos como gerar os arquivos de entrada para o LAMMPS usando os programas fftool e packmol, a estrutura desses arquivos e como executar a simulação.

Na segunda página, que será acrescentada nos próximos dias, abordaremos algumas análises energéticas e estruturais.

Para acessar o tutorial, vá a página https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-lammps-mistura-de-agua-e-etanol-parte-1/ ou clique na imagem abaixo

Mistura de água e etanol

 

Visite também nossa página com conceitos fundamentais de dinâmica molecular e os outros tutoriais de dinâmica molecular:

• Dinâmica molecular – conceitos fundamentais
• Tutorial GROMACS – água
• Tutorial GROMACS – íons em água
• Tutorial GROMACS – moléculas em solução

Simulações coarse grained de líquidos puros

Acabo de adicionar a primeira página do blog sobre simulações de dinâmica molecular empregando modelos coarse grained, que são modelos grosseiros nos quais diversos átomos são agrupados em um único sítio de interação. Nessa página é apresentada uma visão geral do campo de força MARTINI, que será empregado nas simulações coarse grained nesse blog e são discutidas simulações de líquidos puros, empregando potenciais que descrevem a água, álcoois, éteres e cetonas. O modelo apresentado será utilizado posteriormente no estudo de sistemas mais complexos, como misturas de líquidos pouco solúveis, polímeros em solução e microemulsões pois permitem a realização de simulações muito mais e com sistemas maiores do que as simulações atomísticas apresentadas até então, apesar da perda de detalhes em nível molecular.

As simulações apresentadas nessa página têm como objetivo principal demonstrar como o potencial de interação intermolecular, que é particularmente simples nos sistemas discutidos, afeta propriedades macroscópicas como a densidade e a entalpia de vaporização de líquidos, além da organização molecular do sistema.

Link para a página: https://kalilbn.wordpress.com/dinamica-molecular-conceitos-fundamentais/simulacoes-de-liquidos-puros-usando-modelos-coarse-grained/