Tutorial – cálculos quânticos no site chemcompute

Novo tutorial – Realização de cálculos quânticos utilizando a interface do site chemcompute.org . Esse site permite a realização gratuita de cálculos de química quântica com os programas GAMESS e Psi4 e a visualização dos resultados diretamente do navegador de internet, funcionando em qualquer sistema operacional e sem a necessidade de instalar qualquer outro programa. É uma opção bem interessante para utilizar com os alunos em sala de aula, pois funciona até em navegador web de smart phones.

Nesse tutorial usei como exemplo a molécula de formaldeído e discuto os orbitais moleculares, a superfície de potencial eletrostático e o espectro vibracional da molécula.

Tutorial – desenho de dímeros e agregados no Gabedit

Tutorial mostrando ferramentas de desenho no Gabedit para fazer cálculos de dímeros ou clusteres partindo de uma molécula otimizada. São usadas aqui ferramentas de seleção e cópia a fim de aproveitar uma estrutura já otimizada replicando-a e reposicionando-a para gerar a estrutura inicial do dímero.

Utilizando a estrutura desenhada de um dímero de metanol ligado por ligação de hidrogênio, é realizado um cálculo de otimização de geometria e cálculo de frequências vibracionais no ORCA. Para mais detalhes de como obter esses programas e outras informações sobre input e output do ORCA, veja o tutorial na página: https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-orca/

Versão em vídeo do tutorial do Firefly

Olá,

Fiz uma versão em vídeo do tutorial do Firefly para a otimização de geometria e cálculo das frequências vibracionais da molécula de formaldeído usando o Gabedit como interface gráfica. Nesse vídeo, é abordada desde a transferência do binário do Firefly para a pasta /usr/bin (algo que só é necessário fazer uma vez) até a visualização dos orbitais moleculares e dos modos vibracionais da molécula:

Note que, para não tornar o vídeo muito longo, essa versão não contém o cálculo e a visualização da superfície de potencial eletrostático nem o cálculo da forma protonada da molécula, incluídos na versão original do tutorial nessa página: https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-firefly-gabedit/

Para confecção desse tutorial em vídeo foi usando o programa RecordMyDesktop para captura de tela e o OpenShot para edição final.

Tutorial Mopac

Acabo de adicionar um tutorial para o programa Mopac, que realiza cálculos quânticos semi-empíricos abordando os tópicos:

1. Desenho de estruturas no Molden
2. Otimização de geometria
3. Visualização de orbitais moleculares
4. Cálculo de perfis de rotação de diedros da molécula de butano
5. Cálculo de coordenada de reação
6. Otimização do estado de transição de uma reação

Tanto o Mopac quanto o Molden são gratuítos para uso não-comercial e todos os cálculos apresentados no tutorial podem ser facilmente reproduzidos em qualquer computador. Ao final do tutorial, são propostos problemas para o leitor utilizar o programa para prever variações de entalpia de reações e calcular perfis de rotação de diedros e coordenadas de reação.
Link para a página: https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-mopac/