Segunda página do tutorial da simulação de água pura no Gromacs

Acabo de adicionar a segunda página do tutorial atualizado do Gromacs para a simulação de uma caixa de água. Nessa segunda parte focaremos nas análises da trajetória obtida, incluindo análises de ligações de hidrogênio, distribuição radial de pares e distribuição espacial. Além de ferramentas do próprio Gromacs, usaremos também o programa Travis para as análises.

Clique no link ou na imagem abaixo para ir à página:

https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-gromacs-agua-pura-parte-2/

Veja também as páginas:

• Primeira página do tutorial (preparação da estrutura inicial, minimização de energia e realização da simulação)
• Página sobre conceitos fundamentais de dinâmica molecular
• Versão antiga do tutorial de simulação de água com o Gromacs (válido para versões mais antigas do programa)
• Tutorial de simulação de uma mistura de água e etanol no LAMMPS

Tutorial gromacs: Água pura (nova versão)

Acabo de adicionar uma nova versão para o tutorial do gromacs para a realização de uma simulação de dinâmica molecular de água. Esse tutorial tem caráter introdutório e nele explico a instalação dos softwares utilizados para a execução da simulação e visualização dos resultados, preparação da caixa de simulação, minimização de energia e realização da simulação propriamente dita.

Essa versão atualizada foi feita levando em conta mudanças ocorridas no Gromacs que tornaram os tutoriais antigos do blog incompatíveis com as novas versões do programa. Além disso, outras análises e discussões foram incluídas em relação ao tutorial original. Para acessá-lo, use o link: https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-gromacs-agua-pura-parte-1/

Uma segunda parte do tutorial está em preparação e focará na análise dos resultados obtidos nessa simulação. Espero em breve lançar outras versões atualizadas dos tutoriais de dinâmica molecular com o Gromacs.

Segunda página do tutorial do LAMMPS adicionada

Olá,

Acabo de adicionar a segunda página do tutorial do LAMMPS referente a simulação de uma mistura equimolar de água e etanol. Nessa página são abordadas análises de componentes de energia e densidade e análises estruturais como distribuição radial de pares, distribuição espacial e distribuição de diedros. Para acessar essa página, clique aqui ou na figura abaixo.

Distribuição radial de pares entre oxigênio da água ao redor de oxigênio de etanol na mistura equimolar e distribuição espacial de oxigênio da água ao redor da molécula de etanol.

Tutorial LAMMPS – água e etanol

Olá,

Acabo de publicar a primeira página do primeiro tutorial de dinâmica molecular do blog usando o LAMMPS (Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator) usando como sistema modelo uma mistura equimolar de etanol e água. Nessa primeira página, abordamos como gerar os arquivos de entrada para o LAMMPS usando os programas fftool e packmol, a estrutura desses arquivos e como executar a simulação.

Na segunda página, que será acrescentada nos próximos dias, abordaremos algumas análises energéticas e estruturais.

Para acessar o tutorial, vá a página https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-lammps-mistura-de-agua-e-etanol-parte-1/ ou clique na imagem abaixo

Mistura de água e etanol

 

Visite também nossa página com conceitos fundamentais de dinâmica molecular e os outros tutoriais de dinâmica molecular:

• Dinâmica molecular – conceitos fundamentais
• Tutorial GROMACS – água
• Tutorial GROMACS – íons em água
• Tutorial GROMACS – moléculas em solução

Tutorial do GROMACS

Acabo de acrescentar o primeiro tutorial do blog.

Trata-se de um tutorial de duas páginas de dinâmica molecular onde é discutida, passo a passo, uma simulação de uma caixa com água utilizando o GROMACS, um pacote de aplicativos gratuíto para realização e análise de simulações de dinâmica molecular. Esse tutorial aborda os parâmetros de uma simulação de dinâmica molecular, os comandos e arquivos básicos do programa, softwares para visualização de estruturas e análises de componentes de energia, densidade, ligações de hidrogênio e distrbuição radial de pares.

Link:
https://kalilbn.wordpress.com/dinamica-molecular-conceitos-fundamentais/tutorial-gromacs-agua-pagina-1/

Em breve postarei outro tutorial para o GROMACS abordando a elaboração da topologia molecular e algumas outras ferramentas de análise.