Script em python para extrair dados dos arquivos de log do LAMMPS

Olá,

Estou disponibilizando o programa extract_lammps.py, escrito por mim, para extrair propriedades calculadas e impressas no arquivo de log do LAMMPS por meio do comando thermo ao longo de uma trajetória. Para baixá-lo, basta acessar o link abaixo:

https://drive.google.com/open?id=1zH7i8ouuDwEtLxmc9pUUbc87Zshz0t46

O programa irá gerar arquivos com a evolução temporal de cada variável impressa com o comando thermo em função do número de passos além de calcular as respectivas médias e desvios após um determinado número de passos determinado pelo usuário. Em caso de simulações sequenciais com um mesmo arquivo de log, o programa analisa cada simulação separadamente e identifica os arquivos e dados de média e desvio por meio do prefixo “run0_” para a primeira simulação, “run1_” para a segunda, etc.

O único requisito do programa é que a primeira variável a ser impressa com o comando thermo seja o passo de simulação (“Step”), assim, o input do LAMMPS deve conter o comando

thermo_style custom step (outras variáveis que se deseja imprimir)

Para mais detalhes sobre simulações no LAMMPS, veja o tutorial na página https://kalilbn.wordpress.com/tutorial-lammps-mistura-de-agua-e-etanol-parte-1/