Nova versão do programa para extrair dados do arquivo de log do LAMMPS

Estou disponibilizando uma nova versão do programa em Python para extrair informações impressas com o comando thermo dos arquivos de log produzidos nas simulações de dinâmica molecular feitas com o LAMMPS. Para baixar essa versão, clique no link abaixo:

https://drive.google.com/file/d/1Ac7zsS8RPGQYqPw89H0VoDfbILUDP3Wy/view?usp=sharing

Além de extrair a evolução de cada variável definida no comando thermo_style em arquivos distintos e calcular as médias, desvios e médias em bloco como na versão anterior, a nova versão inclui duas novas funcionalidades:

1- Permite plotar diretamente as variáveis em qualquer unidade de tempo desejada ao invés de plotar em função do número de passos como na primeira versão. Para isso, basta informar o passo de integração usado na simulação na variável dt no programa. (o default é dt = 1, que pode ser visto como plotar em função do número de passos que era o caso da versão anterior).

2- Faz regressão linear de cada propriedade calculada em função do tempo usando os dados após o mesmo número de passos em que se inicia o cálculo de médias e desvios (definido pela variável avstart). Os coeficientes angular e linear de cada propriedade em cada run são dados no arquivo linear_regression.txt . Essas regressões tem duas utilidades principais. Primeiramente, algumas variáveis podem apresentar realmente um comportamento linear, como é o caso do desvio médio quadrático das partículas em um líquido, e o coeficiente angular pode se relacionar a propriedades interessantes (no caso do desvio médio quadrático, relaciona-se com o coeficiente de difusão). Para outras propriedades, as quais espera-se que apenas flutuem em torno da média após atingir o equilíbrio, um coeficiente angular não-desprezível pode indicar que seu sistema ainda não relaxou, havendo alguma mudança lenta em andamento, ou que o número de passos excluído do início da simulação não foi grande o bastante. Caso o valor de avstart seja maior que o número de passos da respectiva simulação, as regressões não são calculadas e uma mensagem é impressa no arquivo linear_regression.txt.

Para cálculo das regressões, o programa necessita do módulo “scipy” instalado, algo que não era necessário na primeira versão. Caso prefira usar a versão anterior, ela ainda está disponível no link https://drive.google.com/file/d/1zH7i8ouuDwEtLxmc9pUUbc87Zshz0t46/view?usp=sharing .

Para mais informações sobre a realização e análise de simulações no LAMMPS, cheque nosso tutorial.