pmx – pacote para análises de trajetórias usando python

Olá,

Recentemente comecei a trabalhar com o pacote pmx, que possibilita desenvolver ferramentas de análise para extrair informações de trajetórias no formato xtc, que é o formato empregado pelo Gromacs. Ele pode ser baixado da página https://code.google.com/p/pmx/ e necessita ter o numpy e o scipy instalados, esses dois últimos presentes nos repositórios de muitas distribuições Linux. Eu achei bem simples o desenvolvimento de ferramentas usando-o e recomendo para quem está trabalhando com dinâmica molecular e muitas vezes precisa de um dado relativamente simples mas que não possui nenhuma ferramenta padrão para obtê-lo.

Como exemplo de aplicação, fiz um programa para calcular o número de moléculas de água na primeira camada de coordenação de um soluto em função do tempo. Ele basicamente calcula a distância entre o oxigênio da água e o soluto e armazena quantas moléculas estão a uma distância menor que a especificada. Eu o apliquei para analisar o número de moléculas na primeira camada de coordenação de um íon sódio na simulação feita no tutorial de íons em água (https://kalilbn.wordpress.com/dinamica-molecular-conceitos-fundamentais/371-2/), sendo a distância de corte tomada como a posição do primeiro mínimo no gráfico de distribuição radial. Tal programa encontra-se disponível em https://drive.google.com/file/d/0BxbfUlGvt1wJT0FNLWNlRzdPLWM/edit?usp=sharing e está totalmente comentado, de modo a auxiliar quem quiser começar a desenvolver suas próprias ferramentas de análise (note que ele só funcionará se estiver com o pmx devidamente instalado).

O único problema que tive com o pmx após a instalação foi que ele não estava reconhecendo automaticamente a biblioteca libgmx, o que resolvi copiando o arquivo como root:

cp /usr/lib/libgmx.so.8 /usr/lib/libgmx.so

(observação: copie a biblioteca ao invés de apenas renomear para evitar problemas com outros softwares como o gromacs)

e definindo o caminho:

GMX_DLL=/usr/lib/

export GMX_DLL

Para não ter que usar os dois últimos comandos toda vez que reiniciar a máquina, pode acrescentar essas duas linhas ao final do arquivo .profile que está em seu diretório home. Após essas pequenas modificações, o pmx funcionou perfeitamente. Outras instruções mais detalhadas podem ser achadas na página (em inglês): https://code.google.com/p/pmx/ . Ele possui outras funções além da análise de xtc, porém eu mesmo ainda não testei.

Referência do pmx: D. Seeliger and Bert L. de Groot, Biophys. J. 98(10):2309-2316 (2010)